Основные природные охраняемые зоны Дальневосточного Федерального Округа находятся в разных районах Хабаровского края. В Советско-Гаванском районе – это территория Ботчинская (1994 год), в Амурском и Нанайском районах – Болоньская (1997 год), в непосредственной близости от города Хабаровска – Большехехцирская (1963 год).
Их создание обусловлено сохранением типичных ненарушенных ландшафтов, темнохвойных лесов, ценных водно-болотных угодий Приамурья.

Самым крупным заповедником Хабаровского края является Ботчинский, общая площадь которого равна (по состоянию 1994 года) - 267380 га с площадью его охранной зоны в 81000 га. Территория гористая, простирается по восточным склонам хребта Сихотэ-Алинь. Самыми интересными объектами для туристов этой территории является палеонтологический памятник - местонахождение окаменелой верхнетретичной флоры, а также хребет Сихотэ-Алинь, реки Ботчи и Коппи.

Следующим по протяженности идет Болоньский заповедник Хабаровского края с общей площадью в 103600 га и отсутствием охранного участка, с характерными для него открытыми ландшафтами с обильным весенним увлажнением, представленным осоково-вейниковыми и осоково-разнотравными лугами. Главными достопримечательностями охранной зоны считаются озеро Болонь и его многочисленные водотоки (самые крупные - реки Симми, Харпи и Сюмнур), и прилегающие водно-болотные угодья.

Меньшим по размерам считается Большехехцирский охраняемый участок общим размером в 45 471 га. Несмотря на довольно небольшую территорию, участок славится своим биологическим разнообразием, характерным для Дальнего Востока.

Для посетителей в заповедниках Хабаровского края разработаны туристические маршруты, действуют музей природы и этнографический комплекс.